Organem kierującym gospodarką budżetową i inwestycyjną jest Dyrektor Sądu Okręgowego w Bydgoszczy - zgodnie z art. 21§ 2 usp. W zakresie określonym przepisami ustawy z dnia 27 sierpnia 2009r. o finansach publicznych Dyrektor Sądu Okręgowego jest dysponentem środków budżetowych III stopnia.